Ініціатива створення МЦЧД належить Греції. Центр зареєстрований у Греції на правах юридичної особи у відповідності до грецького законодавства і фінансується коштом уряду Греції. Наразі Генеральним директором МЦЧД є громадянин Греції Георгіос Мітракос.
Центр є некомерційною структурою, яка здійснює наукові дослідження з метою пошуку найбільш оптимальних шляхів реалізації рішень ЧЕС, зокрема в галузі економіки, промисловості та технологій у Чорноморському регіоні.
Робота Центру спрямована на дослідження і виокремлення галузей, які мають перспективи для розвитку співробітництва, розробку конкретних моделей вирішення існуючих проблем, зокрема в економічній і соціальній галузях, надання консультативної допомоги та сприяння розвитку наукового діалогу між країнами регіону, посиленні контактів між дослідницькими центрами Чорноморського регіону та аналогічними структурами ЄС. Центр покликаний створювати можливості для активізації співпраці дослідників, науковців, управлінців, представників урядів країн-членів ОЧЕС з представниками інших регіонів світу, в першу чергу, країн-членів ЄС.
Рішення про створення Міжнародного центру чорноморських досліджень було ухвалене резолюцією 8-ої зустрічі Міністрів закордонних справ країн-учасниць ОЧЕС (Москва, 16-17 вересня 1996 р.). На першій сесії інаугураційної зустрічі Ради директорів Міжнародного центру чорноморських досліджень, що відбулася 28-29 вересня 1998 р., було погоджено його статус, як афілійованого Центру ОЧЕС у відповідності до ст. 24 Статуту ОЧЕС.
Керівним органом МЦЧД є Рада директорів, до якої входять представники країн-членів в якості національних директорів, Генеральний секретар ПМС ОЧЕС, Генеральний директор МЦЧД та три політичні діячі та науковці з Франції та Німеччини.
Окрім Молдови та України національними директорами країн ЧЕС є представники зовнішньополітичних відомств. З лютого 2018 року Україна в Раді директорів МЦЧД представлена Директором Департаменту науково-технічного розвитку МОН України Д.В.Чеберкусом.
На даний момент МЦЧД очікує легітимізації свого статусу, як органу пов’язаного з ЧЕС. Для цього потрібно, щоб 9 країн-засновниць ратифікували доповнення до ст.24 Статуту ЧЕС. 9 країн ЧЕС вже ратифікували доповнення до Статуту, у т.ч. Сербія, яка не є країною-засновницею. Країнами-засновницями, що не провели ратифікацію є Азербайджан, Туреччина та Україна. Головний формальний аргумент щодо не проведення ратифікації – це відсутність правової основи для надання зазначеного статусу юридичній особі, зареєстрованій в іншій державі. Оскільки діяльність МЦЧД відноситься до компетенції МОН України, профільним міністерством опрацьовується питання ратифікації Україною статті 24. Зокрема, зазначене питання було обговорено під час зустрічі заступника Міністра освіти і науки України М.Стріхи з Генеральним секретарем ПМС ОЧЕС М.Хрістідесом, в рамках його робочого візиту до Києва 7 вересня 2017 року.